夢実テルはある日、町外れの倉庫で1枚のカードを拾う。それは『デュエル・マスターズ』と呼ばれ、昔は誰でも遊んでいたカードだった。カードでのデュエルを覚えたテルとココロはレイと知り合うが、デュエルの際にレイの持つアークがテルに反応して光を放つ。アークを光らせることがレイの両親を助けることに繋がると知り、テルはレイ達に協力するが、それがきっかけでアークの力を狙うネストや、アークを光らせれば世界が滅びると警告するハヤテに狙われることになる。
主人公切札勝舞は大会終了後に、神月ルナという少女に出会いデュエルをする。 その翌日、勝舞は彼女の兄神月ミカドとデュエルをするが神帝によって敗北し《神羅ドラグ・ムーン》を奪われた。 ミカドは全デュエリストへの復讐を企んでおり、勝舞らは彼の野望を阻止する為に立ち向かう。