从长眠中的苏醒的妖魔帝国为征服地面世界出来了。继承了古代雾帝国血统的响洸(ひびき洸),召唤出雾帝国的守护神“莱汀”与化石兽对抗。
時代は近未来の日本。立国高校に通う主人公「才賀淳貴」は、失踪した父・巧の遺体発見の連絡により、母(林檎)、妹(倉夏)と共に発見現場である「黒神山遺跡」へと向かう。 遺跡の中で意識を失った淳貴は黄金に輝く巨人の夢を見る。目を覚ました淳貴の手に残された腕輪には神代文字が刻まれていた。腕輪に呼応するかのように、突如現れた巨獣機によって壊されたダムの濁流に飲み込まれた淳貴を謎の光が包む。同じ頃、黒神山から黄金の巨人が現れて……。
『勇者ライディーン』を原案とするが、共通するのはゴッドライディーンのデザイン等一部の設定に留まる。 中学校の同級生「瑠璃」を見舞いに行った帰り、主人公、「鷲崎飛翔」は一枚の羽「ゴッドフェザー」に接触。そこにはかつて、人類誕生以前の太古の宇宙で宇宙の運命をかけて争う正義の戦士、ライディーンと邪悪な生命体、超魔との戦い「聖創生大戦」の記憶があった。その結果、ライディーン戦士が勝利し、超魔は次元の彼方へ追放された。しかし、現代、超魔は復活し、地球侵略を開始する。己の運命に戸惑う飛翔であったが、妹たちを守るために戦うことを決意する。