在神秘委托者的招待下,小五郎与柯南一行人来到了横滨。一行人受邀来到一座巨大城堡,没想到却掉入黑影的神秘男子所设下的陷阱。小兰、灰原与少年侦探团,也因此落入敌人手中成为人质。时间限制为12个小时,如果不在时间内解开男子所出的谜题,小兰他们身上的炸弹就会爆炸。 “你能了解失去心爱的人,是什么样的心情吗?工藤” 这名男子居然知道柯南其实就是工藤新一?!这名男子的真正身份,难道是…… 就在同时,“关西的高中生侦探”服部平次的儿时玩伴和叶也被抓走(因为手上有炸弹而受到威胁,并非抓走)成为了人质,白马探也受到委托。这些侦探们将与柯南一同挑战谜题。但是,当柯南他们正努力调查敌人的真面目之时,却同时也面临着一连串的危机。而众人追查已久的怪盗基德,居然也在此刻现身!柯南、平次、基德以及小五郎与其它刑事们,将携手挑战这次的强敌。时间一分一秒地逼近着,当大家就要解开所有的谜题时,却又出现了新的难题。柯南究竟会怎样??
大阪的地标日卖电视台突发爆炸事件! 那时,里面正在录制“皋月杯”百人一首和歌赛记者会,而突发事件让全场陷入恐慌! 轰然倒塌的大楼里,唯有西部名侦探服部平次和他的青梅竹马远山和叶被困其中,但在千钧一发之际,柯南将两人救出。 在这如同恐怖行动的事件中,众人既不知道犯人所图为何,犯人也没有主动发表声明,这让柯南与平次非常不解。 混乱之中,柯南一行人遇见了自称是“平次未婚妻”的女性。她的名字是大冈红叶。她说自己是【在小时候就向平次求过婚的命中注定之人】。而且,她还是赢得百人一首和歌赛的高中生组冠军,被称作“未来的女皇”。 与此同时,在京都岚山的日式住宅内,皋月杯的获胜选手惨遭杀害。而那时现场的监视器上显示出来的竟是红叶的身影。在那里,某首“歌谣”正在低沉地萦绕——