1日と1日の狭間にある隠された時間「影時間」。 街は動きを止め、人々はオブジェと姿を変える。 そこにはびこる異形の怪物「シャドウ」。 それらに対抗できるのは、ペルソナという特殊な力を持つ者だけ。 私立月光館学園に転校してきた主人公・結城理はペルソナの力に覚醒し、同じペルソナ使いたちで構成された特別課外活動部へと引き入れられる。 彼らはそれぞれ目的のため、影時間の真相を追ううち、想像を絶する運命と対峙するーー。
さまざまな出会いと別れを繰り返し、成長してきた結城理と仲間たちは、自らの進む先に平穏な日々があると信じ、戦い続けていた。しかし、友人だと信じていた少年は「滅びは人類が背負う運命だ」と無情な現実を突き付ける。季節は冬となり、理はある決断を下す。
季節は秋になり、結城理をはじめとしたペルソナ使いたちによる特別課外活動部と異形の怪物「シャドウ」との戦いにも、終わりが近づいていた。しかし、「影時間」を終わらせるためシャドウとの死闘を繰り広げる理の前に、謎の転校生・望月綾時が現れる。
私立月光館学園に転入した結城理は、異形の怪物「シャドウ」の襲撃をきっかけに、シャドウに対抗できる特殊能力を持った「ペルソナ」の力が覚醒した。ペルソナ使いたちで構成された特別課外部活動に引き入れられ、当初は流されるままにシャドウとの戦いを重ねていた理だったが、次第に心境に変化が生まれ、仲間との絆も獲得していく。やがて夏が訪れ、日々に充実感さえ覚えるようになった理は、新たな試練に直面する。