故事发生在在人类与敌人“Unknown”持续战争的世界。数十年前“Unknown”侵略时被送往冷冻睡眠设施避难的孩子们,从沉睡中醒来之时,得知自己的身体中被发现了超自然的力量——世界。为了从出现在东京湾的“Unknown”手中保护国家,少年少女们在东京、神奈川、千叶的各防卫都市展开战斗。东京由相乐总、神奈川由橘公司、千叶由渡航担当,创造出“QUALIDEA”的世界。
2048年,灵云系统作为“智能脑大众化应用”的首例,在蜃泉市城市范围内试用。当日灵云系统发布会的事故引发了其创始人周童,赵飞白以及儿时挚友阿依古丽,艾孜买提之间的理念情感纠葛。为达成自己的目的,周童将赵飞白,阿依古丽和艾孜买提的“脑意识”被封闭在灵云系统内的沙盒空间,却无意间触发了系统的“初始智能AI”------露可可的启动。一切皆联系于当年四人记忆中的“印迹”游戏,一场以“人心羁绊”为代码的智能危机在现实和虚拟世界之间展开。