与巴古拉兽的最终决战已经过去了一年,工藤大器升上了中学二年级。 不知从何时起陪伴在身边的好友明里和善二郎等人已经不在,取而代之的是天野音音的弟弟·天野悠。 「Xros Heart」以篮球队的名义继续存在着,队伍中有一名尊敬着大器学长的成员·明石激。 一天,激被卷入了街上所发生的异变之中,大器·激·悠等人的冒险之旅即将展开新的篇章! 此外,历代Digimon作品的主人公也将预计会在本作中陆续登场。
被巴古拉兽击回到人类世界的工藤大器和高吼兽,经过东京大决战留在人类世界一天后,相对地数码世界已经过了好几个月的时间,并落入了巴古拉军支配下的地狱世界,分裂为七个国家(Land),由七名巴古拉军手下的死亡指挥官所统治,而这七名死亡指挥官就是本篇章的主要敌人。为了让数码世界再次得到和平,工藤大器和高吼兽决定再次回到危机四伏的数码世界中。此外,本篇章亦出现全新力量“超进化”。
某日,工藤大器听到了神秘的旋律。那是将死之人的喘息和求救声。 「我…不能丢下不管!」 脱口而出的大器与发出声音的的高吼兽的心灵回响的瞬间,神秘的DEVICE·DIGIMON XROS LOADER出现了!高吼兽那行将消逝的旋律被收入其中,而大器则被带入了未曾相识的世界。 大器战斗着,前进着。他所希望的究竟是数码世界的王者、还是和平的再临? 如今在数码世界,超越想象的大战即将展开! 第一期:数码宝贝合体战争 (第01话至第30话) 一天,工藤大树偶然听到了神秘声音的呼唤,与朋友们一起来到了数码世界,在那里认识了众多的数码兽同伴并且成为指挥官建立“Xros Heart”团队。意想不到的是,在数码世界中除了他们外竟然还有别的人类在数码世界中活跃着……然而,为了防止邪恶的巴古拉军企图称霸数码世界,他们将要努力地收集水晶(Code Crown)来保护各个领域(Zone),担负起拯救数码世界的命运。
在网路上,突然出现了一只数码蛋,这只蛋破壳后,出生了一只数码宝贝,它疯狂地吞噬着整个电力网络系统,给电力网络运行造成了重大影响,而且它不断地进化,食量也越来越大。太一在开始的时候和素娜吵架了,阿和和阿武外出了,美美去玩了,阿助在考试……只有光子郎和太一在,阿武和阿和找到了电脑来支援太一,后来那个数码暴龙又一次进化了!这时候,发生了一件意想不到的事情……