故事发生在被选召的孩子们首次接触数码世界的6年后。2005年的一天,东京港区海面上的波浪在朝阳下摇曳……17岁的高中生八神太一,如常地用手按停眼前的闹钟,踢开混乱的被铺,于低声滴咕下伸展四肢。他打开了窗帘,光线照到桌上一幅“那一天”的集体照上。随后他在“一路顺风,哥哥”的送别声下,骑上自行车出门,奔向那片初夏的青空……现在,冒险再度进化……
17岁的高中生八神太一,如常地用手按停眼前的闹钟,踢开混乱的被铺,低声滴咕下伸展四肢。拉开了窗帘,光线照到桌上一幅“那一天”的集体照上。随后他骑上自行车出门,奔向那片初夏的青空。不久,锹形虫兽出现在人类世界,并开始进行破坏。亚古兽重新出现,并和伙伴们战胜了3只锹形虫兽。原来数码世界的数码宝贝被感染,在人类世界寻找望月芽心和她的数码宝贝。现在,冒险再度开始。
看到搭档望月芽心被有着玄内样貌的神秘男人所伤, 缅因猫兽再度开始暴走。 “不能让你诞生在世上…” 从现实世界消失的缅因猫兽,正是歪曲本身。是拥有过于巨大力量的,毁灭世界的钥匙—— 西岛大吾以及出现在望月博士之处的黑客兽,逐渐解明真相。 保证世界调和的恒常性将现在变得过于强大的缅因猫兽视为危险,而要将其切除。 随着暴走的缅因猫兽的出现,现实世界开始进入毁灭前的倒计时。 其所波及的地点接连发生异变。因歪曲而现身的数码宝贝们,等待着那一时刻的来临—— 被选召的孩子们,受到异常的数码世界排斥,返回现实世界, 却因为与搭档数码宝贝在一起而遭到人们的追赶。众人陷入孤立无援却仍然拼命地寻求对策,与此同时芽心独自一人持续烦恼着。 同伴和数码宝贝的声音,都传达不到因背负过大的负担而遭受打击的她心中… 之后,残酷的命运,甚至逼近了灵魂比任何人都率直纤细的八神光身边——
缅因猫兽的暴走,以及由此引发的重启。 留下苦恼的芽心,太一等人前往数码世界。 重逢的搭档数码宝贝们,失去了至今为止的全部记忆。 即使如此也为了再次筑起羁绊,而伸出手去的被选召的孩子们,与回应此的数码宝贝们。 但,唯有比丘兽即使进化为成长期,也依然表现出警戒…… “所以说过去的事情我不知道啦!” 面对比起自己更加优先关心他人的空的好意,比丘兽反而抱持着不信任感。 对于因受伤而久久伫立的空,太一和大和找不到能对她说的话语。 接下来,应该在数码世界做些什么才好—— 在商谈此事的众人面前,缅因猫兽突然现身,之后又消失了。他不知为何残留着原先的记忆,寻找着芽心,含泪彷徨着—— 看到这副景象,孩子们为了拯救缅因猫兽而对数码世界之旅下定了决心。但,他们的面前却出现了那个驱使黑暗四天王的男人的身影。 此时,现实世界的西岛收到了姬川失踪的报告。 调查此事的他,查出了姬川至今为止的行动背后隐藏着某个目的。 此事还关联着决定了两人命运的过去的某件事……
世界的崩溃开始了。 暴走的大缅因猫兽吸收了黑暗进化的迪路兽、 用强大的力量进化成了秩序兽。 根据世界树的想法,现实世界将被数码世界所吞噬。 在绝望迫近的时候,被选中的孩子们拼命地向前。 现在太一不在了,能代替他带队的只有大 和。 「为了拯救世界,我们还有必须要做的事情!」 加布兽的话给大和带来了活力,而亚古兽则坚信太一定会回来。 另一方面,恒常性要处置失去控制的秩序兽、 并尝试施行干涉现实世界的最终计划。 为了阻止毁灭的到来,被选召的孩子们和他们的搭档拼命地战斗。 「所有的光芒,都汇聚在了缅因猫兽…」 绝望的迪路兽向大家说到。 孩子们做出最后决定的时候到了。 被选中的孩子们,自己将选择怎样的未来? 现在,冒险将再一次进化。
为欢迎新伙伴望月,大家前往温泉主题公园,正为高考和被选召孩子责任两难的阿丈没去,此时御台场又出现感染数码兽"奥加兽",美美巴鲁兽无视光子郎劝阻和它进行了战斗,却出现了意外的结果...文化祭当天,烦恼的阿丈和美美二人面前,某个男人出现了...