大门大、托马H·诺史丁、藤枝淑乃、野口郁人、大门知香、白川恵、黑崎美树、汤岛浩以及萨摩廉太郎等DATS成员,为了维护现实世界的秩序,打败误入现实世界的数码宝贝将其数码蛋化后送回数码世界,但数码宝贝与人类的关系由于种种原因变得十分紧张,加上由于一些人频繁穿梭空间导致的空间不稳定,以致数码世界的数据终端处理器伊古德拉希尔对人类下达了灭亡指令,大门大、托马、淑乃等人与在数码世界长大的少年郁人最终打败并说服了皇家骑士们与伊古德拉希尔,拯救了两个世界。 第五代相对于前四代人物制作更加美型,也更偏向科幻化了,同样出现的亚古兽有了更强的力量。
2006年7月にサンリオピューロランドの「夢のタイムマシン」等で上映された3DCG映画。2009年10月3日には「とびだす!3D東映アニメまつり」として再上映された。 2010年2月21日には、本作を含む4作品セットのDVD『CG東映アニメまつり』が発売。立体映像ではなく通常映像での収録となる。
人类因为诅咒的荆棘而沉睡不醒,亚古兽因为大门大的沉睡伤心不已,有一天他们遇见了一个叫做莉兹姆的女孩,正在被一群野人兽追杀,莉兹姆告诉亚古兽说,荆棘是亚尔哥兽造成的,这个邪恶的数码宝贝正企图要毁灭人类,于是亚古兽决定去打倒亚尔哥兽……