故事讲述了将月球炸掉了七成并扬言要炸掉地球的“杀老师”,赴任椚丘中学3年E班的教师。而以日本为首的各国首脑在得知这一消息后决定将暗杀他的重任交付给3年E班的学生们,寄望他们能在一年之内把老师除掉,成功得手后的报酬为一百亿日元。于是,各路同学想尽办法在不让别人知晓的情况下进行暗杀老师的计划,这场教师与学生之间非日常的授业大戏随即拉开了帷幕……
「暗殺教室」卒業から7年後、翌年にはクラスメイトが賑やかに集うはずの旧校舎に、特別な想いでひとり訪れる渚。しかし、誰もいないはずの教室には、すでに先客がいた。この教室で共に成長した業だ。それぞれの道で始まる新たな挑戦を目前に、ふたりはこの教室で得たものを確かめ合っていく。あの特別な1年に、彼らは何を感じていたのか。そして、今こそ分かる、殺せんせーの想いとは…。
夏祭りも終わり、店じまいを終えた殺せんせーのもとに一人のE組生徒が訪れる。翌日、始業式の壇上には、E組で過ごした4ヶ月余りが地獄であったとスピーチする竹林の姿が。竹林がE組を抜けてA組に加入することを知ったE組生徒たちは、彼の説得を試みるが…。
单行本第7卷限定版同捆OAD
伴随着悠扬肃穆的《万福玛丽亚》的旋律,日本防务省特种部队精英乌间惟臣踩着坚毅的步伐走到了神秘牢房的最尽头。那里关押着一个令全世界政要闻风丧胆的人物——不久前刚刚把月亮蒸发掉七成的杀老师。当然此时杀老师还未就任椚丘中学,他坐在硬化玻璃陨石制成的牢房内悠然自得,此前联合国倾尽全力都无法将其诛杀,高达20马赫的超级速度、能在大气层外活动的能力以及精通各国语言的机敏头脑,无疑是他成为将世人玩弄于鼓掌之中的神明。这是乌间和杀老师最初相遇的故事,地球的命运由此决定……