幕末の動乱期に“人斬り抜刀斎”と恐れられた維新志士・緋村剣心は、逆刃刀を手に不殺を誓い、流浪人として新しい時代を生きていた。 明治十一年五月十四日、“維新三傑”大久保利通が暗殺される。時代を再び動かす事件の背後には、明治政府転覆を企てる志々雄真実の暗躍があった。剣心は“人斬り抜刀斎”の後継者でもあった志々雄を止めるため、神谷薫に別れを告げ京都へ旅立つ。 薫たちとの別れ、そして新たな出会い さらには、志々雄一派との戦い 己の因縁と不殺の誓いとの間で揺れる剣心 幾多の想いが集う明治剣客浪漫譚、第二章開幕――!
幕末の動乱期、"人斬り抜刀斎"と恐れられた志士がいた。その男は、新しい時代の到来と共に人々の前から姿を消し去り、「最強」という名の伝説と化していった。 時は流れ――明治十一年、東京下町。逆刃刀を腰に下げ、不殺を誓う旅の剣客・緋村剣心は、神谷活心流の師範代・神谷薫と出会う。剣心は、活心流を騙る辻斬り「人斬り抜刀斎」の事件を解決したことをきっかけに、薫のもとに居候することとなる。東京府士族出身の明神弥彦、喧嘩屋を称する相楽左之助といった仲間たちとの出会い過去の因縁によって戦うこととなる宿敵たちとの対峙。新しい時代を懸命に生きる人々による明治剣客浪漫譚、ここに開幕――!