猪猪侠和阿五带着海豚伙伴聪聪继续执行南海生态调查任务。任务资料往往让人摸不着头脑,但他们凭着旺盛的好奇心、无边的想象力,总是充满动力去解开一个又一个谜题。然而坏坏博士为了赢过猪猪侠,总是有意无意地在旁边捣乱,但猪猪侠他们总是能凭着勇气和智慧,与坏坏博士斗智斗勇,最终既保护了海洋环境和目标生物,同时将生态资料完整地记录下来。
猪猪侠接到新任务,就是在神秘而美丽的南海搜集寻找各种海洋生物,调查并记录它们的生存环境和独特行为。为了保护海洋生态环境、记录大开眼界的见闻,猪猪侠与伙伴阿五、聪聪组成探险小队,不但要面对海底世界的种种困难,还要与一个叫坏坏博士的竞争者斗智斗勇。
猪猪侠和阿五为了打造全宇宙最受欢迎的恐龙博物馆,一次次前往恐龙世界进行调查。调查过程往往艰辛而滑稽,恐龙总会展现出不为人知的一面,令他们陷入困境。但猪猪侠和阿五总能找到应对之法,最终完成任务。本片旨在通过寓教于乐的方式,让孩子们获得恐龙知识的同时,拥有猪猪侠一样解决问题的勇气和毅力。