1986年10月5日から1987年9月27日[1]まで、フジテレビ系列で毎週日曜18:00~18:30の枠で放送された。 『サントリー スポーツ天国』、『スポーツ特Q』と、これまでスポーツ番組が放送されていたこの枠でアニメ作品が放送されるのは、『未来警察ウラシマン』の枠移動前の1983年3月末以来3年半振りである。 原則として各話一話完結であるが、以前の回で出てきたキャラクターやストーリーがのちの回で言及されることも多い。
この物語はどこかの国のどこかの町に住む子供のいない夫婦がそのことを切実と語る場面から始まる。そこに夢の国フェナリナーサのプリンセス、ミンキーモモ(以下、モモ)が3匹のお供を連れて空から降りてくる。そして夫婦はモモを、始めから自分たちの本当の子供であるかのように受け入れてしまう。 第1話の主要部のプロットの概略は次のようなものである。モモのパパとなった人物は腕の立つ獣医でもあり、噂を聞きつけたある牧場から往診を求められる。海外出張中のパパに代わりモモが牧場に向かうが、モモが子供だからという理由で牧場主に相手にされなかった。そこでモモは大人に変身する魔法で獣医の看護婦に変身して牧場の馬を治療し、さらに、牧場を悪者から救うために騎手に変身し競馬レースで活躍する。 第2話以降もモモは事件に遭遇し、魔法で大人に変身するが、プロットそのものには決まったパターンがなく多様な展開を見せる。各回ごとにエピソードの主要人物となるゲストが登場し、モモはゲストの夢を叶えようと奔走する。モモが何かいいことをすると各回の最後にモモのペンダントが光り、その4回ごとに夢の国の王冠にハッピーティアと呼ばれる宝石(誕生石)が出現する。宝石が12個そろうと、夢の国が再び地球に降りてくると言われている(第4話)。 物語は第43話から第46話にかけて終盤を迎える[えーだば 57]。モモは、魔法で他人の夢をかなえることはできないことを知り[注釈 2]、魔法の力を失い、ついには命を落としてしまう。そして、モモは人間に生まれ変わり、地球でのパパとママの本当の子供となる。モモが大人になり自分の夢を叶えた時、最後のハッピーティアが出現し夢の国が降りてくるだろうと語られ、『ミンキーモモ』の物語はここで一旦、幕となる。 このあとも物語は続いていく。物語の大筋は人々の夢と希望を奪うためモモを付け狙う悪夢との戦いが中心となり、最終的には、後期のエピソードの全てが人間の赤ちゃんとなったモモの見る夢だったことが判明する。そして夢の中での戦いはモモの勝利に終わり、前期最終話に回帰する形で物語は完結する。
フェナリナーサのプリンセスが果たせなかった使命を果たすため、海の底に沈んだ夢の国、マリンナーサのプリンセスがミンキーモモ(以下モモ。特に断りがないかぎり本作品のミンキーモモを指す)の名を継ぎ地上に派遣される。モモは、まだ夢を持つ人が多く残っている、あそこの国のあそこの町にやってきて、妖精が隠れ住む公園に建つホテルの管理人夫婦の子供となる(第1話)。 毎回の話は、「むかし、むかし、といっても、ほんのすこしだけ明日に想えるかもしれない昔」という決まり文句で始まる。物語の前半においては前作と同様にモモが事件に遭遇し、大人に変身して活躍する。前作との相違点としては、今作のモモは使命のことよりも地上で楽しく遊ぶことを第一の目的に行動しているため、使命を遂行していることを示す明確な演出が物語前半の時点では存在しないことが上げられる。 物語後半では宇宙に浮かぶ夢のエネルギーの不足によって魔法の力が弱まり、夢の国とその住人の消滅が起こりうる危機的な状況になっていく。人間に生まれ変わったフェナリナーサのモモと出会うことで、モモは「夢を取り戻す」という使命をようやく自覚し、世界中に散った夢のかけらの力を借りながら世界に夢と希望を取り戻そうとするが、魔法で夢を叶えることはできないという現実に直面する(第59話、第60話)。 最終回(第62話)ではとうとう夢や希望が失われ、夢の国の住人達も他の惑星へと旅立ち、地上に残った最後の夢の国であるマリンナーサも地球から離れることを決断する。その一方、パパとママが不治の病(AIDS)を患っていたために子供ができなかったこと、そんな2人にとって、モモの存在こそが叶わぬはずの夢そのものであったことを、モモは知ることになる。地球から離れるか残るか迷うモモに、人間に生まれ変わった前作のモモは「モモちゃんに自分の夢を見守っていて欲しい。そう思う子がいる限り、モモちゃんは消えない」と伝え励ます。その言葉を聞き、パパとママの夢を守るため、そして誰かが望む限り夢がなくなることはないと信じて、人々の夢を見守るためにモモは地球に残る道を選ぶ(第62話)。この物語には夢を持ちつづけてほしいというメッセージが込められていた。