M.M.Eとの戦いより200年、「ユーマン」による宣戦布告など多少の緊張はあるものの、人類はおおむね平和な生活を送っていた。全人類をつなぐネットワークが完成した次の日、「G.O.R.N」と表示されるプログラムによって都市は大混乱に陥る。そんな中、謎の人物「キャティ」によって集められた5人は都市の一部と化していた脱出用宇宙船に乗って都市を離れた。復活の機会をうかがっていたゴーンによって、ほぼすべての人類は抹殺された。宇宙船に乗っていた5名プラス救助された1名は、行き先も分からないまま進む宇宙船に困惑する。その宇宙船にもゴーンの追手がかかる。紆余曲折の末、目的地である木星に到着。そこで恒星間航行用宇宙船に乗り換え、新天地であるプレアデス星団へ出発した。