外宇宙に進出した人類は宇宙各地の惑星をリゾート地として開発、だれでも手軽に宇宙旅行ができる時代が訪れていた。 宇宙歴5808年、行方不明の父親を探すために小さな宇宙旅行会社「YAT」のツアーに参加した星渡ゴローは、ツアーの最中に誤って宇宙船を壊してしまう。ゴローは宇宙船の弁済のためにYATの一員としてタダ働きをしながら、父親探しの旅をすることになる。 最初は涙あり笑いありのコミカルなギャグアニメとなっているが、物語が進むにつれて、桂の謎や次元トンネルにゴローの父親が関わっていることが判明していく。特に42話以降は、今までの基本であった一話完結方式ではなく連続ストーリーアニメとなり、これまでの謎が明かされると共に、次から次へと起こる事件に立ち向かっていくYATメンバーとその仲間達の姿が描かれる。 この作品の裏にあったテーマは親子の愛情であり、ゴローとダイゴ、ヤマモトと桂、カネアとアンなど主要キャラの親子関係が物語の重要な部分に多く関わっていた。
マザー次元トンネルの暴走事故から半年、母星に帰った天上院桂が戻って来たことを聞いたYATのメンバーは急いでその宇宙船へ向かう。しかし、感動の再会を果たしたのも束の間、激しい揺れに襲われ、気がついたときには見たことの無い宇宙に到着していた。そこで、ノート博士と名乗る老人と、マロンと名乗る少女に出会う。彼らは宇宙征服を企む組織「ガノン帝国」に能力を狙われていた。そしてノート博士は帝国に捕らわれ、ヤマモト社長は敵の首領ガノンに洗脳されてその手先となり、リーダーを失ったゴローたちは自分たちの力だけで苦難の旅を続ける。 第一期と同様に一話完結のコミカルなギャグアニメで様々な惑星を訪れるという点は同じである。今作は、悪の組織と戦うといったアクションシーンが主体の勧善懲悪のヒーローもののような話が多く、伏線をちりばめて多くの人間模様を描いた前作とは作品の方向性が異なっている。 親子愛がテーマだった第1期に対し、今作では親離れ、子離れをテーマとしている。